Entiendo que tienes mongo ejecutándose en Docker, por lo que, como solución alternativa, puedes usar el mismo contenedor en ejecución para conectarte:
docker exec -ti $container_name bash
bash-4.2$ mongo -u $MONGODB_USER -p $MONGODB_PASSWORD $MONGODB_DATABASE
MongoDB shell version v3.6.3
connecting to: mongodb://127.0.0.1:27017
MongoDB server version: 3.6.3
Idealmente, podría conectarse con un solo comando, pero no sé por qué falla al llamar desde afuera:
# this fail but you can use with other databases
docker exec -ti $container_name mongo -u $MONGODB_USER -p $MONGODB_PASSWORD $MONGODB_DATABASE
La idea es simple, mongo está instalado en el contenedor, por lo que le dice a Docker que se ejecute desde el interior del contenedor. Si necesita cargar archivos desde el exterior, siempre puede montar un volumen.