¿Qué es percona?
¿Cómo se diferencia de MySQL?
¿Cuándo deberíamos considerar cambiar (o actualizar) de MySQL a Percona?
Para agregar algunos detalles en nuestra situación, usamos casi exclusivamente InnoDB (que entiendo que Percona ha optimizado mucho) con amplias restricciones de clave externa y algunos procedimientos almacenados.
Lo que estamos encontrando en este momento es que MySQL está optimizando mal nuestras consultas y, por lo tanto, cualquier consulta que supere las 3-4 uniones que tenemos que construir explícitamente con uniones RECTA para mejorar el rendimiento.