No tiene que cambiar la opción cada vez. Si cambia la selección en Herramientas> Opciones> Explorador de objetos> Scripting, debería persistir.
En cuanto a por qué los índices de secuencias de comandos no son los predeterminados, no tengo idea. No es una gran pregunta para tus compañeros; si realmente quieres el fondo, busca a alguien en el equipo de SSMS y cómprale una cerveza; tal vez puedan compartirlo. También podría considerar enviar una sugerencia en el foro de comentarios de SQL Server (si aún no existe), y posiblemente le dirán por qué es el predeterminado y / o por qué no lo cambiarán.