Respuestas:
Instale la instancia con nombre, mueva las bases de datos, los trabajos del agente, etc., y luego desinstale la instancia predeterminada ahora no utilizada.
La respuesta simple es que no puedes. Si no va a utilizar la instancia predeterminada, simplemente desinstálela. Puede instalar SQL Server nuevamente y crear una instancia con nombre.
¿Cómo convertir una instancia con nombre a una instancia predeterminada en SQL Server 2012?