Primero, busque el registro de instalación. En mi caso, estaba bajo la siguiente ruta:
C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Setup Bootstrap\Log\*.*
En ese registro encontré las siguientes entradas:
2015-08-07 11:16:50 Slp: Sco: Attempting to open registry subkey
2015-08-07 11:16:50 Slp: Sco: Attempting to open registry subkey SOFTWARE\Microsoft\VisualStudio\9.0
2015-08-07 11:16:50 Slp: Sco: Attempting to get registry value InstallDir
2015-08-07 11:16:50 Slp: Target package: "D:\shared\~~~~~\sqlncli.msi"
2015-08-07 11:16:51 Slp: MSI Error: 1316 The specified account already exists.
Luego localicé el archivo sqlncli.msi
y abrí un símbolo del sistema para ejecutar este comando:
msiexec /i "d:\[Your sqlncli.msi path]
Luego desinstalé el SQL Server Native Client y ejecuté la instalación para SQL Server nuevamente, con éxito.