Casi lo tienes con "libertad de efectos secundarios". El problema es que esto posiblemente significa que los efectos secundarios son gratuitos (como en "libertad de efectos secundarios"). Para ser claro, necesita "liberarse de los efectos secundarios". Y tenga en cuenta que "libre de" no se combina con "libertad de"; tanto "libre de algo" como "libre de algo" van a "libertad de algo".
En general, encontrará que los hablantes nativos de inglés evitan instintivamente las frases con nombre compuesto cuya cabeza es "libertad", aunque sean gramaticales. Por ejemplo, "libertad de expresión" y "libertad de opresión" no se denominan "libertad de expresión" y "libertad de opresión". El significado podría elaborarse a partir del contexto ("libertad de expresión" probablemente no es "libertad de expresión", y "libertad de opresión" no es "libertad de opresión") pero las formas simplemente no son eufónicas . Incluso si eso es simplemente por desuso, es como es.
Los trabajos académicos en CS también se escriben para una audiencia mundial que incluye hablantes no nativos de inglés. Si puede, escriba como un hablante nativo de inglés.