Tienes toda la razón, significa poner la harina en una cuchara y luego nivelarla.
Si sacas la harina, lo que significa que sumerges la taza de medir en el recipiente y sacas una gran cantidad, la presión compacta más harina en la taza de medir. Cuando la vierte en la taza de medir, la harina es menos compacta (por lo que hay menos en la misma medida de 1 taza). Diferencias sutiles como esta pueden significar una gran diferencia en el resultado final al hornear.
Si tuviera que medir 1 taza tamizada, 1 taza con cuchara y 1 taza con cuchara en una balanza de alimentos, obtendría tres resultados diferentes (del más ligero al más pesado). Es por eso que soy un gran admirador de las recetas que usan medidas de peso para los ingredientes.