Scid es lo que uso. Está compilado para una aplicación nativa . Parece funcionar bastante bien para este propósito, aunque Stockfish 2.2.2 está actuando de manera extraña, puede intentar 2.1.1 si tiene problemas. De hecho, escribí un tutorial , aunque es bastante simple.
Recientemente he estado ejecutando Stockfish con múltiples variaciones hasta 100, por lo que analiza todos los movimientos en profundidad, lo que no querrás hacer durante un juego, pero para el análisis que planeas ejecutar durante mucho tiempo, atrapa algunos improbables buenos movimientos antes.