Como probablemente ya sabes, Stockfish es "solo" un motor de ajedrez. Significa que es "solo" la parte del programa que hace pensar, y no tiene ninguna interfaz.
No he usado Ubuntu por un tiempo, pero AFAIK Stockfish está disponible en sus repositorios, por lo que debería poder instalarlo solo con: $ sudo apt-get install stockfish
Si por alguna razón necesita / desea instalar Stockfish desde las fuentes, una vez que haya descargado el código del repositorio de github, solo necesita un compilador de C ++ (vg g ++) y desde la carpeta "src" ingrese el comando: $ make build ARCH = x86-64 (Esto es para sistemas de 64 bits) $ make build ARCH = x86-32 (Esto es para sistemas de 32 bits)
Para poder jugar contra Stockfis necesitas una GUI de ajedrez, por ejemplo Arena (solo la versión de Windows, por lo que necesitas vino para que funcione) y ScidVsPC son muy populares:
http://scidvspc.sourceforge.net/
http://www.playwitharena.com/
Una vez que haya instalado una GUI y el motor Stockfish, solo tiene que agregar el motor Stockfish a la GUI para poder jugar contra él.