El enunciado de la pregunta implica una agenda, pero responderé de todos modos.
Por un lado, me decepcionó no ver ninguna mención de Vera Menchik aquí. Primera campeona mundial femenina, derrotó a muchos de los mejores hombres de su tiempo, incluido el campeón mundial Max Euwe (¡dos veces!), Sammy Reshevsky, Jacques Mieses y Lajos Steiner. Hastings 1930-1, Euwe perdió solo un juego en todo el evento: Menchik.
Ahora, el OP afirma, sin ningún apoyo visible, que la disparidad de la población no puede explicarse, pero eso es algo que mi propia experiencia de más de una década organizando una buena parte de los eventos más fuertes en mi estado me lleva a creer que es absolutamente cierto. El porcentaje de jugadoras de ajedrez femeninas en los eventos que organicé fue muy inferior al 1 por ciento del total de jugadores (en casi la mitad de esos eventos, fue 0). Y si, durante ese mismo período de tiempo, decidimos usar jugadores únicos totales (cada individuo cuenta como 1 jugador, sin importar cuántos eventos míos hayan jugado) ese número no sería mayor. Por lo tanto, la disparidad en el número de jugadores explicaría fácilmente la diferencia de población entre los 100 mejores. De hecho, estoy impresionado de que haya un 2%.
Pasando de eso, aún no he visto nada que pruebe la noción popular de que los jugadores de ajedrez son más inteligentes que la población en general. Todos podemos pensar en jugadores de ajedrez de alto nivel que han defendido algunas ideas bastante ingenuas. Conozco a varias personas muy inteligentes que nunca pasaron los niveles de principiante en ajedrez, y otras que sí lo hicieron. Correlación débil en el mejor de los casos, me parece.
Creo que deberíamos descartar la alegación de "genio" en la pregunta original de la misma manera. No hay prueba de ello en absoluto.
Uno de los campos más interesantes para este estudio es en los jugadores muy jóvenes. En las listas de la USCF, la concentración de mujeres en las listas de las 20 primeras o de las 100 principales es más alta en las edades más tempranas que tardías, con números del 10% o más de mujeres en las listas de jóvenes, bajando al 2% más o menos en las más viejas. . Esto es paralelo a mi experiencia como entrenador de ajedrez; había más alumnas en mis clases más jóvenes que las mayores.
He hablado con algunos de los más prometedores sobre por qué se detuvieron. Las razones para alejarse del ajedrez fueron variadas. Algunos lo hicieron por lo que llamaríamos "socialización": sintieron presión del mundo exterior (pares, miembros de la familia, otras figuras de autoridad) para dejar de jugar al ajedrez porque simplemente no era "algo que se suponía que las chicas debían hacer". Algunos lo hicieron por la misma razón por la cual los hombres se marcharon más tarde en la vida: estaban demasiado ocupados o se interesaron más en otras cosas (desde actividades sociales hasta materias STEM como Química o Matemáticas).
Pero para algunos, la razón fueron los muchachos. No más interesado en los niños que el ajedrez, pero menos interesado en el ajedrez debido a la actitud de los niños que lo juegan. Conozco a varias chicas que continuaron leyendo sobre ajedrez, simplemente nunca aparecieron o se sentaron a jugar en un club debido a la tendencia de los chicos de edad similar (preadolescente a adolescente) a denigrarlas. (La denigración, puedo dar fe de la observación, vino independientemente de la habilidad, de hecho, cuanto mejor era el niño en el ajedrez, menos tendía a burlarse de las chicas que jugaban bien. Parecía más una táctica fuera del juego empleada para evitar que los chicos mediocres pierdan ante un mejor jugador. Visto como tal, tendría que decir que funcionó; si ella no jugaba, era una amenaza menos para él).