Usando stockfish_8_x64 con Arena 3.5.1, veo una extraña elección de Stockfish. Empieza aqui:
Blanco, Stockfish, para moverse. Juega bb6-g1, perdiendo el alfil y la victoria.
También extraño: el mismo motor no hace este movimiento extraño en el programa Tarrasch. Jugando con KBN contra K, he visto a Stockfish a menudo perder la ventaja en estas configuraciones finales.
¿Alguna idea de cómo podría estar sucediendo esto, o por qué sucedería solo con Arena?
EDITAR: la respuesta de SmallChess es correcta. El problema era un valor residual distinto de cero en la posición "número de medios movimientos". Vea mi respuesta a su publicación para más información.