Contar material es solo una parte de la evaluación de una posición. Stockfish considera el espacio, la movilidad y la actividad de las piezas, la seguridad del rey, etc.
Todo eso produce una evaluación de la posición, y para este SF la califica (usando LiChess) como aproximadamente +2.2 (profundidad 31).
Noto que antes de su saco de caballeros Stockfish cree que ya había bajado alrededor de 1.2, a pesar del material más o menos igual. Ese alfil en h6 que controla tus cuadrados oscuros debilitados, por ejemplo, claramente vale más que tu caballero.
En cuanto a su decisión de sacrificar al caballero, desde un punto de vista práctico, parece una opción razonable en una mala situación, porque si simplemente mueve a su reina a e6 o e5, como sugiere SF, las blancas tienen un plan claro y natural de f4 seguido por la apertura de ese archivo y tus torpes torres no serán ágiles defensores.
SF sugiere para las blancas un b6 inmediato después de que tu reina tome c4, y con eso no obtendrás la tormenta de peones como lo hiciste en el juego. Las blancas tendrán una línea abierta para invadir con sus torres (lo que depende de tu reacción a b6) y su pieza extra lo dirá.