Ignorando completamente los efectos relativistas, depende del marco de referencia que esté utilizando; la energía "faltante" se ve como energía cinética en el átomo emisor o receptor como retroceso, dependiendo de cuál se vea como en movimiento. La energía no se conserva entre los marcos de referencia.
Si viajo a una velocidad lejos de ti y te emito un fotón que observo que tiene una frecuencia f , entonces asumiré que el fotón tiene una energía E = hf, donde h es la constante de Planck. Nunca observaré una energía diferente para ese fotón: en mi marco de referencia, la energía se conserva. Sin embargo, usted observará una frecuencia diferente f y, por lo tanto, una energía diferente E. Esta energía permanece constante para usted: la energía se conserva en su marco de referencia, pero la energía que observo y la energía que usted observa difieren: la energía no se conserva entre nuestros marcos de referencia; es decir, la energía se conserva pero no es invariante.
Considere: paso por delante de usted en un automóvil y le tiro una pelota de tenis. En mi perspectiva, la pelota de tenis tiene mayor energía cinética (se mueve a mi velocidad, más la velocidad de la pelota) que en tu perspectiva. ¡La energía tampoco es invariable en esta circunstancia!