Creo que la respuesta es no .
Si tratamos de comprimir estos átomos, terminamos (eventualmente) con los núcleos lo suficientemente cerca como para verse obligados a fusionarse. Fusión significaría que hemos formado un solo núcleo.
Esta etapa es inevitable.
¿Entonces su pregunta de dos átomos ahora se reduce a si un solo núcleo puede formar un agujero negro? .
Un núcleo es una especie de mezcla compleja de quark-gluón y si lo comprimimos más, terminamos con una versión muy densa de lo que básicamente no tenemos física para modelar adecuadamente.
Es extremadamente improbable que la relatividad general convencional pueda aplicarse a algo que será tan pequeño que en realidad es más pequeño de lo que creemos que podemos aplicar la teoría cuántica. Y la densidad de energía involucrada en ese punto sería tan alta que nuestras teorías actuales ya no tienen sentido. Necesitamos una teoría cuántica de la gravedad para hacer esto y no tenemos una que funcione lo suficientemente bien. De hecho, ni siquiera estamos seguros de que una teoría cuántica de la gravedad nos permita ir a escalas tan pequeñas y de alta energía, incluso eso es desconocido.
Así que estamos en aguas desconocidas.
Entonces, ¿por qué "no"?
Bueno, para forzar tal compresión de un núcleo, tendríamos que aplicar energías a una región muy pequeña del espacio, más pequeña de lo que creemos que es posible, debido a las consecuencias del principio de incertidumbre. Dicho de manera simplista, más allá de algún punto no podríamos decir simultáneamente dónde está el núcleo y qué tan rápido se está moviendo. Sería imposible limitarse a una región más pequeña. Esto sucedería mucho antes de llegar al radio de Schwarzschild, alrededor de la longitud de Planck .
Como verá en la respuesta de @ James-K, el radio de Schwarzschild es de aproximadamente 10 −53 m, pero la longitud de Planck es 18 órdenes de magnitud más grande, aproximadamente 10 −35 m.
Por lo tanto, no podríamos limitar y comprimir de manera realista nuestro núcleo en un espacio lo suficientemente pequeño como para alcanzar su tamaño de agujero negro.
Ahora podemos hacer una afirmación genérica de que una nueva teoría podría proporcionar alguna laguna que nos permita evitar eso, pero parece poco probable ya que esperaríamos que una nueva teoría reproduzca la mayor parte de lo que ya sabemos en esos límites. Es difícil imaginar que el principio de incertidumbre "desaparezca", así que no veo una forma de evitarlo.
Hay una posibilidad no probada de un sí.
Una teoría cuántica de la gravedad que funcione podría (repetir podría o no ) encontrar que la gravedad a esa escala cambia su carácter y le permite formar horizontes de eventos en tamaños más grandes de lo que actualmente esperaríamos para tales rangos de masa-energía.
Pero carecemos de evidencia para respaldar esa idea, y no convertiré un "no" en un "tal vez sí" simplemente para dejar espacio a cualquier idea descabellada. Eso es ciencia ficción, no ciencia.