Puede abrir dos ventanas IDE de Arduino y usar Herramientas / Tablero para configurar cada uno de ellos en uno de los dos tipos de tableros que está programando. Es decir, puede tener múltiples ventanas IDE abiertas, con diferentes opciones seleccionadas en cada una. He programado uno y un dispositivo Nano con el mismo programa desde dos ventanas diferentes simultáneamente (es decir, las luces RX parpadean en ambas placas al mismo tiempo) sin problemas.
Puede usar un cable USB y un puerto, o puede usar un cable USB separado para cada ventana. Es posible que necesite usar Herramientas / Puerto ocasionalmente si el número de puerto cambia cuando recupera cosas.
Tengo la opción de editor externo seleccionada. El texto en cada ventana de Arduino IDE se actualiza cuando hago clic en Verificar o Cargar, en lugar de cada vez que guardo el archivo en emacs. No sé cómo funciona si no está utilizando un editor externo y tiene el mismo archivo abierto en dos ventanas IDE.