Respuestas:
No entran en conflicto, ya que millis()lee estrictamente el valor inmediato, TCNT0mientras que PWM a través del temporizador 0 usa la capacidad del hardware para comparar el valor de TCNT0con los valores OCR0xsin afectar el valor de ninguno de ellos.
Solo para agregar a la respuesta de @ Ignacio que ha respondido directamente a su pregunta. El "conflicto" del que hablas está relacionado con Timer0el preescalador.
En su mayor parte, puede usar esos pines (incidentalmente los pines 5 y 6 en UNO) con PWM sin problemas y leer el valor correcto de millis()(así como obtener el retraso esperado de delay)
Donde tiene problemas es si desea cambiar el preescalador (generalmente para modificar la frecuencia de la señal PWM). Si cambia esto, entonces afecta directamente el cálculo y la presentación de informes millis()y la duración de delay(x).
millis ()o de delay ()todos modos
millis()solo usa el conteo de desbordamiento del temporizador 0.micros()lee el valor inmediato enTCNT0.