La configuración se llamaba "Confirmar antes de cerrar varias pestañas o ventanas", pero se eliminó en 10.7 cuando se introdujo el Reanudar. defaults write com.apple.Safari ConfirmClosingMultiplePages -bool trueya no funciona tampoco.
La parte de Reanudar donde se mantiene el estado de la aplicación después de salir se deshabilitó de forma predeterminada en 10.8, pero puede volver a habilitarla desde el panel de preferencias General:

También puede habilitarlo solo en Safari ejecutando, defaults write com.apple.Safari NSQuitAlwaysKeepsWindows -bool truecerrando y volviendo a abrir Safari.
Safari aún volverá a cargar las pestañas cuando se restauren. Y restaurar el estado solo me ha funcionado la mitad del tiempo desde Safari 6 o 10.8.
También puede cambiar el acceso directo para salir de Safari:

O deshabilite algunos de los accesos directos por completo:
defaults write com.apple.Safari NSUserKeyEquivalents -dict 'Quit Safari' '\0' 'Close Window' '\0' 'Close All Windows' '\0'