El Java Runtime Environment (JRE) y el Java SDK no son inherentemente inseguros. El problema se basa en su mayor parte en ciertas formas en que JVM (Java Virtual Machine) accede (y puede ser engañado) a ciertas partes del sistema operativo.
Como cualquier otra pieza compleja de software, Java no es diferente de, digamos, .NET en una máquina Windows o Mono.NET en cualquier versión.
Sin embargo, Java en un navegador es un mundo diferente (y, por lo tanto, por qué puede continuar y deshabilitarlo en la mayoría de los navegadores modernos), similar (pero no tan malo) a lo que era ActiveX en los días de Internet Explorer.
Puede tener el JRE de forma segura en su máquina Macintosh, Linux o Windows con poco peligro, ya que ningún elemento de Java RE o SDK expondrá vulnerabilidades remotas por defecto. Es solo un montón de código en su disco duro.
Ahora, si desea saber si la ejecución del software de Java no es segura, entonces no hay forma de responder sin sumergirse en grandes argumentos. Si desea ejecutar el software Java, solo vaya a Oracle, descargue el entorno Runtime y ejecute su programa Java. No se activará de manera predeterminada en Safari (pero verifique dos veces para estar seguro) o cualquier otro navegador.
Dicho todo esto, Java es molesto (especialmente su actualizador, que puede atenuar o deshabilitar, pero nunca deja de ser tan molesto o, a veces, más que el Actualizador de Flash si tiene Flash). Por otro lado, Oracle finalmente comenzó a lanzar actualizaciones más periódicas a Java para que las vulnerabilidades se solucionen con más frecuencia (lo cual es molesto pero bueno). Cuando Apple tenía el control del SDK, este no era el caso.
Por supuesto, algunos "expertos en seguridad" gritarán en voz alta que tener Java en su disco duro puede generar más inseguridad, ya que alguien obtiene acceso a su computadora, podrían explotar las vulnerabilidades locales de Java. Confía en mí, si alguien obtiene acceso a tu computadora (incluso remota) hasta el punto de poder ejecutar cualquier cosa (incluido Java), tienes un problema mayor.
Entonces, si lo necesita, adelante y consíguelo.