Las preferencias de Skim tienen una opción para "Guardar automáticamente las copias de seguridad de las notas de Skim" que le recomiendo que active. Esto crea un archivo .skim al lado del PDF. Skim todavía guarda anotaciones en los atributos extendidos, pero los he visto desaparecer después de la sincronización con Dropbox. No se supone que lo haga, pero lo hizo. Por lo tanto, siempre guardo una copia de seguridad de notas en el archivo complementario .skim.
La gran ventaja de Skim sobre Vista previa y cualquier otra aplicación de anotación de PDF es el ahorro rápido. Esto es posible solo porque Skim mantiene las anotaciones separadas del contenido PDF. El formato PDF es tal que agregar una anotación a una página PDF requiere reescribir todo el PDF nuevamente en el disco, lo que puede ser bastante lento. Skim evita este inconveniente con elegancia porque no reescribe el PDF, solo los atributos extendidos.
Por lo tanto, active la opción de copias de seguridad y continúe usando CMD S en Skim para guardar su trabajo. Si los atributos extendidos se borran, cuando inicie el PDF en Skim, detectará el archivo .skim y le ofrecerá cargarlo y podrá continuar su trabajo.
Consejo adicional: DevonThink admite anotaciones Skim de forma nativa. Por lo tanto, si encuentra un archivo .skim o atributos extendidos para el archivo PDF que está viendo en DevonThink, también mostrará las anotaciones. Esto evita el paso de tener que exportar un PDF con notas incrustadas desde Skim, que es necesario para que otras aplicaciones vean las anotaciones que ha realizado en Skim. (Skim proporciona un SDK gratuito para su formato de anotaciones, por lo que otros visores de PDF también deberían poder admitir anotaciones de descremado).