Lamentablemente, no puede cambiar la posición de la pantalla de las alertas y pancartas del Centro de notificaciones. Esta es una gran queja mía también, y le recomiendo que se queje de este problema a Apple aquí:
http://www.apple.com/feedback/macos.html
Esperemos que algún día cambien esto. Tampoco he podido encontrar ni formular ningún truco.
A mí también me molesta que encubra los controles en mis aplicaciones de modelado, pestañas en mi navegador, etc.
Puede mover el Centro de notificaciones a otra pantalla, sin embargo, toda su barra de menú lo acompaña. Cuando tenga más de un monitor activo, abra Preferencias del sistema> Pantallas> Disposición. Haga clic y arrastre la barra blanca dentro de uno de los cuadrados que representan su monitor primario actual y arrástrelo a otro monitor.
Otra cosa que puede hacer es que, para las notificaciones que no necesita tratar de inmediato, puede cambiar el estilo de alerta para las aplicaciones que le notifican constantemente desde Alertas a Banners. Los banners desaparecen automáticamente al centro de notificaciones, donde puede encontrarlos más tarde.
Buena suerte, y sigan corriendo la voz de que debemos decirle a Apple que mejore esta experiencia.