Como solución alternativa, he encontrado esto:
Anotar con Vista previa o GoodReader. En el iPad, GoodReader puede extraer el texto de las anotaciones cuando selecciona 'ver resumen'. Este resumen se puede guardar como un archivo txt.
[ Actualización : GoodReader parece haber eliminado 'ver resumen' en formato .txt por alguna razón insondable. Una solución alternativa (al menos para mí) es utilizar el servicio gratuito Enviar a DropBox . Simplemente selecciona 'resumen de correo electrónico' y las anotaciones aparecen en un mensaje de correo electrónico. Envíe esto a su dirección de correo Enviar a DropBox y tendrá un archivo .txt con sus anotaciones. De muchas maneras, si usa DropBox, esto es más fácil porque elimina el paso de cargar el archivo .txt]
En OS X, he descargado Skim . Puedo abrir una copia de un pdf anotado en Vista previa o GoodReader, luego convertir las anotaciones al formato .skim seleccionando archivo> convertir notas. Una vez hecho esto, puedo seleccionar archivo> exportar y hay una opción para exportar notas como un archivo txt.
Si alguien puede llegar a una solución más elegante, estaría muy interesado en escucharla.