No es tan simple como Time Machine puede o no almacenar los archivos en una estructura de carpeta plana. Las copias de seguridad de red se almacenan como una imagen de disco dispersa y, además, rsync no respeta todas las ACL y los permisos que son posibles o trata con permisos especiales en la carpeta Usuario, subcarpetas de usuario, Aplicaciones y otros casos especiales.
Si puede limitar qué archivos se están copiando y confirmar que el directorio de su máquina no está almacenado en una imagen de disco, rsync podría ser aceptable en circunstancias limitadas para copiar archivos de usuario que carecen de permisos especiales.
En su caso específico, los archivos están realmente vinculados, lo que no hará ninguna diferencia en rsync. Cuando apunta rsync a una instancia específica a tiempo en su copia de seguridad, realmente no importa cuántos otros enlaces duros o blandos apunten a los archivos que está restaurando. El sistema de almacenamiento leerá los datos de la unidad externa como si los archivos fueran la única copia en la unidad USB. Esa es la magia de los enlaces duros: dos entradas de directorio apuntan al mismo archivo para que no pueda saber al leer el archivo que es un enlace o un archivo. Solo si consulta el recuento de enlaces, un programa puede saberlo, y rsync no se preocupa por el recuento de enlaces duros cuando lee.
Debe ser bueno para cualquier restauración de archivos como documentos o imágenes.