Esta es una pregunta muy interesante. Apple tiene un artículo de soporte sobre la alimentación de periféricos a través de USB. Apple afirma que cada puerto USB se suministra con hasta 900 mA a 5V. He visto algunas discusiones en varios foros sobre la desigualdad de puertos que he visto, pero no creo que Apple haya abordado alguna de las afirmaciones.
Los usuarios que sugirieron la desigualdad tomaron en sus propias manos hacer un poco de prueba; Encontré este desglose muy bien escrito .
Ahorrando los detalles técnicos, realizaron pruebas con los puertos USB frontal y posterior y notaron diferencias muy pequeñas. También sugiere que el teclado / trackpad, el lector de tarjetas de memoria y Bluetooth están todos conectados al 'puerto frontal', y que el receptor iSight y el IR están conectados al 'puerto posterior'. Según lo que está conectado, dónde y en los números de sus pruebas, parece que el puerto posterior tiene un rendimiento ligeramente mejor.
Dicho todo esto, la diferencia es tan pequeña que nunca notarías que está cargando un dispositivo (especialmente de Apple). Usar tu iPad con cualquier puerto está bien. No habrá una diferencia notable.
Como se sugirió, es probable que obtenga un mejor rendimiento de carga al usar el cubo de pared, en lugar de cargar a través de USB.