Si. A menos que compre las aplicaciones a través de App Store, no serán aplicaciones oficiales de App Store. Lo que significa que no debe volver a instalar si alguna vez lo necesitó, no instalar en otros Mac, etc. Y no recibirá actualizaciones a través de App Store, recibirá actualizaciones a través de Actualización de software (que puede encontrar en Preferencias del sistema).
Sin embargo, si / cuando actualiza a Mountain Lion, que salió la semana pasada, la Actualización de software se ha integrado en la App Store. Por lo tanto, todo su software de Apple, independientemente de si se compró a través de la App Store, se actualiza en un solo lugar.