En su .bashrc (o donde sea que guarde los parámetros para su shell), intente agregar un alias que cambie el comportamiento de rm para mover cosas a ~ / .Trash, como en:
alias rm='move/to/.Trash'
Sin embargo, este alias está lejos de ser trivial para implementar (al menos para mí), porque el uso de mv (el principal candidato para usar para este trabajo) es
mv file where
Por lo tanto, tener un alias que ponga la parte 'dónde' delante del archivo a mover podría ser bastante incompleto. Lo investigaré y podría obtener consejos más sustanciales.
EDITAR: acabo de intentar agregar lo siguiente a mi .bashrc, y funciona:
function trash { mv "$@" ~/.Trash ; }
Es mucho más primitivo que otras sugerencias, pero evita instalar cosas nuevas.