Por lo que puedo decir, este es un problema provocado por algo en Chrome.
Estoy luchando con el mismo problema, pero si bien tengo varias pantallas adjuntas (se comporta igual que los espacios en la mayoría de los casos), si tengo Chrome en la pantalla uno y dos. Si ahora cmd + tabulador a una aplicación que solo está en la pantalla 2, cambiará el foco a esa pantalla, pero cuando Cmd + tab vuelva a Chrome, se enfocará nuevamente a la pantalla 1 a pesar de tener una ventana de Chrome también en la pantalla 2. Si ahora cambio estas dos ventanas de Chrome, la prioridad de enfoque no cambia, por lo que no tiene nada que ver con el orden de creación de las ventanas, sino con el escritorio en el que están. Para mi configuración de 2 pantallas, prioriza siempre el mismo sin importar dónde se encuentre el Dock o cualquier otra cosa que se me ocurra probar. Por lo tanto, creo que tiene algo que ver con la diferenciación interna de macOS entre las pantallas.
Pero ahora para empezar: si intento reproducir el mismo comportamiento ilógico con Safari, no sucede. Safari se comporta exactamente como cabría esperar con respecto al orden de enfoque.
Por lo tanto, creo que es un problema creado por alguna interacción de Chrome y macOS debido al bloqueo arbitrario de una pantalla.
Por lo tanto, creo que la solución más fácil para su problema es mover la (s) ventana (s) de terminal al escritorio donde se enfoca Chrome. Tal vez reordenar los escritorios podría cambiar algo sobre el comportamiento, pero no lo comprobé.