Este es el comportamiento previsto. No molestar solo habilita las funciones de Apple como teléfono y mensajes. No afecta a aplicaciones de terceros.
De esta discusión de Apple:
No tiene nada que ver con el software de Apple. No molestar solo afecta las funciones principales de iOS de Apple: la aplicación de teléfono, la aplicación de mensajería y el servicio de notificaciones de iOS. No interactúa ni afecta las aplicaciones de terceros.
Si desea que Whatsapp implemente la función, debe contactarlos:
Si desea que WhatsApp implemente algo similar, debe sugerirlo a los desarrolladores de WhatsApp. O cierre WhatsApp por la noche y desactívelo en la actualización de la aplicación en segundo plano en la configuración.
Para proporcionar una configuración similar en Whatsapp, puede cerrarla en el momento deseado y activar la actualización de la aplicación en segundo plano, lo que evitará que se actualice y reciba mensajes.
Para desactivar la actualización de la aplicación en segundo plano
Vaya a Configuración -> General -> Actualización de la aplicación en segundo plano y desactive Whatsapp.
Para desactivar por completo todas las aplicaciones, haga clic en la parte superior donde dice actualización de la aplicación en segundo plano y haga clic en desactivar.