Respuestas:
Dos opciones: 1. Haga esto a través de Facetime (Preferencias> Configuración> Predeterminado para llamadas) 2. Si esto no funciona, pruebe la aplicación RCDefault: http://www.rubicode.com/Software/RCDefaultApp/
Para mí, Skype no se mostraba en la lista de Facetime, pero la aplicación RCDefault hizo posible agregar una aplicación personalizada allí. Lo que aún no he logrado hacer funcionar es que el número se copiaría a Skype.
Por cierto, esto también se ha respondido en https://superuser.com/questions/1132108/how-to-configure-the-default-app-to-open-tel-links-in-macos-x