Tuve el mismo problema (solo con SourceTree, después de una actualización), y al ver la respuesta de @ kopischke me recordó otro hilo de Ask Different, en otro problema de la base de datos LaunchServices:
¿Por qué la lista de aplicaciones "Abrir con" de mi Mac comienza a enumerar las aplicaciones dos veces y, a veces, tres veces?
El comando de reinicio LaunchServices siempre que sea ligeramente diferente del que @kopischke proporcionó:
/System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user
Lo intenté y resolvió mi problema de "Abrir la aplicación por primera vez". Pero no requirió que volviera a aprobar todas las demás aplicaciones (solo unas pocas; no vi un patrón obvio en el que). Por lo tanto, puede valer la pena intentar esto antes de probar la sugerencia anterior.