Ningún índice de metadatos solo se puede buscar cuando los documentos de iCloud se purgan o no se almacenan localmente. Un archivo solo se indexa cuando se escribe a través del sistema de archivos local y el índice de metadatos se actualiza.
Spotlight solo indexa una unidad local en mi prueba de 10.12.2, por lo que esperaría que pierda los datos de búsqueda de Spotlight para cualquier archivo que inicialmente se descargue a su Mac, pero luego se purgue en una poda de poco espacio en disco del caché local de archivos .
Existen mecanismos para que macOS mantenga un índice de foco de un volumen de red remoto y también es concebible que Apple pueda diseñar una solución en la que los metadatos de foco se mantengan localmente cuando ocurra la poda. Simplemente no puedo verificar que la implementación se realice o se complete.
Si puedo obtener un caso de prueba, editaré esta respuesta con detalles, pero el trabajo para configurarlo para mí es más complicado que mi curiosidad en este momento. Sería bastante fácil configurar esto si aumentara su almacenamiento a 50 GB durante un mes e instalara macOS con una unidad de arranque de menos de 50 GB.