Respuestas:
Como alternativa a eliminarlos, podría considerar esconderlos en el Finder. Para hacer esto, inicie Terminal y luego ingrese este comando:
chflags hidden ~/Public ~/Sites
Si alguna vez quieres hacerlos visibles de nuevo, usarías este comando:
chflags nohidden ~/Public ~/Sites
Nada, a menos que uses el uso compartido de la Web, y solo se quejará si lo enciendes.