El problema es que si oculta (ALT-clic o CMD-H), oculta todas las ventanas de esa aplicación. Probablemente no quiera hacer eso, solo para minimizar la ventana actual.
En OS X no tiene la barra de título, con un elemento para cada ventana abierta (por ejemplo, 3 elementos diferentes para 3 ventanas de MS Word), sino un indicador para aplicaciones que tienen ventanas abiertas, pero nada indica cómo muchas ventanas están abiertas ... por lo que no sabe dónde hacer clic en el Dock para minimizar qué ventana exacta (si hay más ventanas de la misma aplicación abiertas). Puede hacer clic con el botón derecho en la aplicación en el Dock, luego obtendrá la lista de las ventanas abiertas, pero eso es para las personas con mucho tiempo para hacer clic. Para los practicantes de Zen :-)
Se puede lograr un comportamiento similar al de Windows con herramientas de terceros como HyperDock, pero no recuerdo haber tenido una manera de hacer clic en una ventana para minimizarlo. Pero, francamente, lo probé durante muy poco tiempo.