En mi experiencia, las tiendas de Apple realmente no harán ese tipo de trabajo, es mejor que lo lleves a un centro de servicio autorizado para ese tipo de cosas.
Puede usar el Monitor de actividad (que se encuentra en la carpeta Utilidades) para monitorear la actividad del disco. Esto le dará una idea de la rapidez con que la unidad está cambiando los datos hacia y desde sus platos. Luego necesitaría investigar para ver si el rendimiento que está obteniendo está por debajo de la media o es normal.
Otra cosa para verificar sería el uso de CPU y RAM, verificar esto cuando el sistema funciona mal puede darle una idea de lo que lo está frenando (suponiendo que su software acapare su CPU / RAM).
También puede valer la pena revisar la Consola (también se encuentra en la carpeta Utilidades) para ver si alguna aplicación o servicio está enviando mensajes no deseados (de error), estas aplicaciones / servicios pueden estar causando ralentizaciones al acaparar los recursos del sistema.
Otro paso de solución de problemas (mucho menos inocuo) podría ser hacer un archivo e instalar su sistema (que básicamente mantiene todos sus archivos y configuraciones pero instala una copia nueva del sistema) y ver si mejora el rendimiento.