Desde que actualicé a El Capitan, Mail.app también se actualizó (a la versión 9.2) y la capacidad de reordenar cuentas desapareció. Ahora no puedo mover cuentas en las preferencias.
¿Quién sabe si hay alguna configuración para resolver este problema manualmente?
Si elimina las cuentas de Mail.app y luego las vuelve a agregar en el orden en que desea que estén, se guardará el pedido. Actualmente no hay forma de cambiar manualmente el orden después de que las cuentas se hayan creado en Mail.