No existe una "mejor" forma generalmente aceptada para que las aplicaciones de la tienda de aplicaciones de Mac no entregadas por Apple se actualicen. Hay muchas formas, algunas usan herramientas de Linux, otras reinventan ciertas ruedas, otras están escribiendo srsnc / curl en una línea similar a la forma en que homebrew se basa en un script central y recetas de paquetes ruby.
En cuanto a las aplicaciones que se actualizan automáticamente (o al menos notificar a los usuarios finales cuando una actualización podría estar disponible), algunas usan un marco como sparkle para buscar actualizaciones o programar su propio mecanismo de verificación de actualizaciones. Microsoft Office, Chrome, Firefox y muchas otras aplicaciones no necesitan ningún otro mecanismo de actualización que no sea optar por el mecanismo de actualización automática.
Los barriles de Homebrew probablemente se actualizan tan bien como la experiencia principal de Homebrew para las herramientas de línea de comandos, por lo que comenzaría con eso y luego haría una pregunta de seguimiento si tiene una aplicación específica en mente que no se está actualizando a sus deseos.
Si administra Macs de manera profesional, existen muchos marcos para crear imágenes, actualizar e incluso ejecutar su propia "tienda de aplicaciones" para empaquetar versiones específicas de aplicaciones y el proceso de Apple.