Yo también tuve el problema de reindexar después de actualizar a Lion. Sin embargo, el problema no existía para todos los usuarios, solo para el que estaba usando FileVault 1.
Después de unas semanas fui más frustrado y corrió ... †
$ sudo mdutil -a -i off
... en la Terminal, y en el mismo minuto me di cuenta de que la configuración se aplicaba en todo el sistema. Me encogí de hombros y disfruté de unas pocas horas de reindexación, sesión gratuita, después de lo cual decidí volver a activar Spotlight, ya que es crucial para mi flujo de trabajo en otras cuentas de usuario; entonces:
$ sudo mdutil -a -i on
Y mientras lo hacía, decidí borrar el índice anterior y reconstruir nuevo desde cero con:
$ sudo mdutil -aE
Hice esto hace aproximadamente un mes y desde entonces no he encontrado reindexación "inútil". Estoy felizmente sorprendido porque solucionar el problema fue simplemente una coincidencia.
Entonces, ¿has intentado apagarlo y volverlo a encender?
†) la -a
bandera aplicará la acción a todos los volúmenes que podrían no ser algo que usted desea, y en realidad no era lo que yo quería, pero solo quería ir al ataque sobre el tema.