Hay algunas aplicaciones que pueden "cambiar de golpe" ya que se ejecutan como una aplicación con ventana / tradicional donde se muestra en la pantalla del conmutador de aplicaciones y como una aplicación de fondo o una aplicación de barra de menú.
Para ver ejemplos de esto, mira Dash , Take Five y Skitch . Cada uno tiene una preferencia para ejecutarse en el "primer plano" o el "fondo" y cuando realiza un cambio a esa preferencia, debe salir y volver a iniciar la aplicación para que el sistema sepa cómo manejar el dock, las ventanas y el menú barra, así como el conmutador de aplicaciones.
No veo ninguna señal de que iTerm 2 tenga esta funcionalidad, por lo que, en el mejor de los casos, deberá modificar la aplicación o volver a compilarla si está lista para funcionar y simplemente carece de la alternancia de preferencias en la aplicación. Sospecho que la aplicación necesitará más programación agregada para manejar ambos casos y tendrá que vivir con esa aplicación en el conmutador o elegir una herramienta de emulación de terminal diferente.
Básicamente, el sistema operativo puede acomodar una aplicación diseñada para optar por salir del dock y el conmutador de aplicaciones, pero no es tan simple como establecer una preferencia en cualquier aplicación que desee cambiar.