Cuando una aplicación se selecciona como all desktops mientras se cambia de un escritorio a otro, aunque otra aplicación está delante de esta aplicación, automáticamente la pone en primer plano y luego la vuelve a poner detrás. Para evitar esto, siempre tengo que ocultar la aplicación antes de cambiar los escritorios. ¿Hay un ajuste general que impida esto?
Mientras se desliza de izquierda a derecha desde atrás de xcode a la parte delantera de cromo, luego va por detrás de cromo. 
Respuestas:
Siempre que otra aplicación que esté configurada como Ninguna o Este escritorio en el escritorio que está deslizando sea la ventana activa, y no haya activado la aplicación configurada para Todos los escritorios durante la sesión en el escritorio anterior, la ventana que realiza el seguimiento hasta Todos los escritorios permanecerán en segundo plano sin avanzar y luego retroceder.
Este comportamiento solo ocurre cuando la aplicación Todos los escritorios es la ventana activa cuando se desliza al nuevo escritorio. Supongo que la razón de ello es que los diseñadores de OS X sintieron que deslizar y ocultar las ventanas abiertas en el nuevo Escritorio podría causar confusión, por lo que agregaron esta animación para enfatizar que la aplicación activa del escritorio anterior no está priorizada y que está abierta Aplicaciones en el nuevo escritorio.