Un usuario en el foro de MacRumors ha creado una aplicación para hacer exactamente esta tarea, buscar y eliminar todas las fotos en una carpeta o en el carrete de la cámara que no se hayan marcado como favoritas.
La aplicación es "Deleter" de saleksandras y está en: https://itunes.apple.com/us/app/deleter/id1180101544?ls=1&mt=8
Acabo de ejecutar la aplicación, ¡y funcionó perfectamente! Seleccionó las 2.600 fotos en mi teléfono que no había marcado como favoritas e ignoró las 600 que había favorecido. Cuando presioné eliminar, movió todos los no favoritos de mi carrete de cámara a la carpeta recientemente eliminada (para poder recuperarlos durante 30 días si fuera necesario). Me llevó un minuto eliminar todo, pero eran 9 gb de fotos, así que creo que puede excusarse por eso :)
Fue un poco estresante presionar eliminar en tantas fotos, pero ya había hecho una copia de seguridad del rollo de mi cámara en mi PC usando la aplicación PhotoSync (otra gran herramienta), así que no estaba realmente preocupado.
No sé por qué Apple no incluye una herramienta de selección masiva para seleccionar fácilmente todas las fotos favoritas o no favoritas, ¡pero esta aplicación hace el trabajo!