Mirando esta imagen:
Verás un espacio en blanco en la parte inferior. Eso es en realidad una aplicación que desaparece. Junto a él, puede ver una carpeta a la que le falta el icono. Junto a eso, notará una carpeta llamada PgAdmin.
Ahora, la aplicación que falta en el espacio vacío es totalmente inaccesible. La carpeta con el nombre pero el ícono faltante también podría ser. Al hacer clic en cualquier lugar de esos lugares, solo se hace lo mismo que hacer clic en cualquier espacio vacío y se cierra Launchpad.
La carpeta PgAdmin que mencioné muestra que hay aplicaciones dentro (la aplicación PgAdmin y otra carpeta). Cuando abre la carpeta, aparece como vacía.
Esto sucedió mientras intentaba reorganizar y organizar el launchpad. Estoy usando el Yosemite más actual (actualizado esta noche).