Yo también prefiero que Mail.app no marque el siguiente mensaje como leído. También estoy usando Yosemite. La única forma que conozco para lograr esto es ocultar el visor de mensajes:
Correo => Preferencias => Pestaña de visualización => seleccione 'Usar diseño clásico'
Ahora la ventana de correo solo muestra la lista de buzones a la izquierda (que es opcional) y los mensajes en el buzón actual a la derecha. (Es posible que deba arrastrar el divisor entre el panel de la lista de mensajes y el panel del visor de mensajes hasta la parte inferior de la ventana). Para ver un mensaje, haga doble clic en la vista de lista y se abrirá en una ventana separada . Desde allí, puede cerrarlo, responderlo, reenviarlo, marcarlo o eliminarlo. Si lo elimina, el siguiente mensaje de la lista se resalta, pero no se marca como leído hasta que lo abra.
Espero que esto ayude.