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Y la respuesta correcta es: No.
El cifrado solo afecta al volumen de OS X. Al iniciar Boot Camp, el mensaje de contraseña necesario para permitir el descifrado se omite por completo. El volumen se convierte en un blob opaco para cualquier cosa que no sea un sistema OS X en ejecución.
En resumen, sí. John Siracusa de Ars Technica tiene un muy larga reseña de león Con mucho más detalle. Además, en un reciente podcast dijo que piense en File Vault 2 de esta manera: una vez que enciende su computadora e ingresa la contraseña (antes de que se inicie nada), el disco no está cifrado. Las copias de seguridad de Time Machine, Boot Camp, acceso a la red, etc., todo (esencialmente) sin encriptar.
Aunque no he probado su método en particular, tengo FileVault en ejecución y puedo acceder a mi sistema sin problemas de otras maneras. ¡Espero que esto ayude!