He dedicado mucho tiempo a resolver este problema y espero que pueda ayudar, incluso si no es la causa más común del problema.
El problema para mí aquí es saber si Photos y iPhotos almacenan sus fotos dos veces en dos espacios diferentes de su disco duro o solo uno con un enlace simbólico.
Dije que para mí son dos lugares diferentes (y no es algo bueno). Si observa los tamaños de una imagen en particular en ambos directorios, no son lo mismo. Por lo tanto, para mí no es el mismo objeto (un enlace duro tendría EXACTAMENTE el mismo tamaño) Si hace 'ls -lha' para estos 2 archivos (misma imagen):
/Users/doubelle/Pictures/iPhoto Library.migratedphotolibrary/Data/2015/01/18/20150118-110234/2pfRkFdYTrSDeax1Tqq6DQ
/Users/doubelle/Pictures/Photos Library.photoslibrary/Data/2015/01/18/20150118-110234/2pfRkFdYTrSDeax1Tqq6DQ
Obtiene estos diferentes tamaños de archivo
-rw-r--r--@ 1 doubelle staff 38199 1 jul 22:47 IMG_0762.jpg
-rw-r--r--@ 1 doubelle staff 37136 1 jul 22:48 IMG_0762_migrated.jpg
De esa manera puede saber si un archivo está vinculado o duplicado.