Desafortunadamente, Time Capsule no hará una copia de seguridad de su partición de Windows. Tendría que hacer eso por separado.
Sugeriría usar un programa como Crashplan para hacer una copia de seguridad de todo su disco duro de Windows en un HDD externo (gratis con Crashplan). Luego formatee y / o restaure su disco duro Mac OS X desde Time Capsule sin cambiar las particiones, y finalmente formatee y / o restaure su partición de Windows desde la copia de seguridad de Crashplan.
Por supuesto, Windows es Windows, necesita un formato de vez en cuando (sí, tengo prejuicios) y no tiene una opción adecuada para "restaurar todo el sistema operativo desde la copia de seguridad" como Mac OS X, un camino más fácil podría ser hacer una copia de seguridad datos importantes de su partición de Windows, como documentos y preferencias de aplicaciones, en un disco duro externo, y luego formatear la partición e instalar una copia nueva de Windows en la que copie sus cosas importantes. Eso es probablemente lo que haría.