Bueno, tuve un problema similar en mi carpeta de descargas. Muchas veces recibí el mensaje 'El disco de inicio está casi lleno'. Finder mostraba 37 GB en esa carpeta, pero, comprobando cada subcarpeta individualmente, el tamaño de todos era como 10 GB más pequeño.
Entonces, no pude (todavía) averiguar por qué sucede, pero pude encontrar cómo solucionarlo.
El único problema es que el problema puede seguir apareciendo.
Entonces, para solucionar esto, vaya a 'Preferencias del sistema' -> 'Spotlight', luego, 'Privacidad'.
Haga clic en el botón '+' y agregue el disco que contiene la 'carpeta de tamaño incorrecto'. Hit OKpara la confirmación.
Reinicie su Mac (cuando me enteré, este paso no fue mencionado. Lo hice por mi cuenta, solo para asegurarme).
Después del reinicio, regrese al sistema 'Preferencias del sistema' -> 'Spotlight', luego, 'Privacidad'. Ahora, haga clic en un disco que acaba de agregar y retírelo (usando el botón '-').
Y ya está hecho el truco.
PS 1: MacBook Air 2010, OS X v10.8.5 (Mountain Lion), SSD de 256 GB
PD 2: Lo siento, no recuerdo dónde lo aprendí, pero, en el peor de los casos, perderá un poco de tiempo mientras OS X reconstruye los índices de archivos para mejorar la búsqueda de Spotlight.
PS 3: si se da cuenta de que el centro de atención no está buscando cómo debería ser, es una señal de que el procedimiento anterior debe ejecutarse.
PS 4: Otro consejo que puede ser útil: vaya a la Utilidad de Discos, seleccione su disco y presione 'verificar permisos de disco'. Una vez hecho esto, haga clic en 'reparar permisos de disco'.