Respuestas:
No. Lo hago todo el tiempo. Tengo un pueblo TH 3 y un pueblo TH 8. Cuando cambio de mi TH 8 a TH 3, me da el mensaje. Más tarde vuelvo a mi TH 8 y está perfectamente bien. De aquí ( http://www.reddit.com/r/ClashOfClans/comments/1n51uh/is_it_possible_to_have_2_villages_on_one_device/ ) dice (citado del Jefe LPFX):
Cada vez que cambies, recibirás una Alerta de Game Center que te preguntará si quieres descartar esta aldea y cargar la otra. Es posible que deba escribir "CONFIRMAR" para continuar. No te preocupes, el otro pueblo no se borra.
Por lo tanto, puede cambiar entre ellos. El mensaje CONFIRMAR es solo para asegurarse de que no tuvo la intención de cambiar accidentalmente.