Respuestas:
La actualización de aplicaciones en segundo plano no actualizará las aplicaciones.
Cuando la actualización de aplicaciones en segundo plano está activada, las aplicaciones que aprovechan esta característica pueden actualizarse en segundo plano.
Fuente: artículo KB de Apple - iOS: comprensión de la multitarea
Esto significa que las aplicaciones pueden actualizar su contenido, pero Background App Refresh no es responsable de la actualización real del binario desde la App Store.
Con respecto a la actualización real de la aplicación, hay un criterio que debe cumplirse antes de que una aplicación pueda actualizarse:
Actualizaciones programadas de forma inteligente.
iOS programa actualizaciones durante tiempos de ahorro de energía. Como cuando su dispositivo está encendido y conectado a Wi-Fi. Para que su batería no se agote innecesariamente.
Fuente: Apple - iOS 7 - Novedades, anteriormente disponible en http://www.apple.com/ios/whats-new/
Esto significa que solo porque la opción está habilitada, la actualización no siempre tendrá lugar.