Encontré una alternativa buena y barata a OmniFocus en ToodleDo . Está basado en el navegador (no tiene mucha más "nube" que eso), pero también tienen una aplicación de iOS para usar sin conexión. Lo he estado usando durante algunos años y he tenido pocas quejas incluso a sus precios (gratis por una fracción de OmniFocus).
Como nota al margen, OmniFocus admite la sincronización basada en la nube. Desde la página del producto:
Sincronización
No puedes lograr tus objetivos si no los tienes contigo. OmniFocus sincroniza su base de datos de tareas con un servidor o disco, de modo que todos sus Mac, su iPhone y su iPod Touch estén actualizados. Sincronice a través de su red local usando Bonjour, a través de la nube usando MobileMe o cualquier servidor WebDAV estándar, o incluso con algo tan simple como una unidad USB.
Creo que este es un desarrollo reciente desde sus aplicaciones de iOS. Los productos OmniGroup no son baratos, pero definitivamente valen la pena.