Solo como una adición: me encontré con el mismo (más otro problema) al actualizar mi nexus 5 de Lollipop a Marshmallow. Cada vez que el teléfono estaba en modo de suspensión (por ejemplo: mientras conducía mi automóvil y el teléfono descansaba en el bolsillo) y entraba en un wifi conocido, no se conectaba automáticamente.
Por lo general, cuando llegué al trabajo, tan pronto como salí del estacionamiento me notificaron los correos entrantes o mensajes, pero ya no en Android 6. Tan pronto como desbloqueé el teléfono, el wifi se conectó automáticamente y todo estuvo bien. Pero siempre me olvido de hacer esto y, a veces, pasé horas antes de darme cuenta de que no había hecho este paso y que no me enviarían mensajes, ya que no estaba conectado al wifi hasta que tomé el teléfono del bolsillo y desbloqueé una vez
Revisé todas las configuraciones y políticas, y finalmente encontré algo que funcionó:
En Configuración -> Energía -> ... -> Optimización de energía, puede cambiar la lista de "aplicaciones no optimizadas" a "todas las aplicaciones". Luego busque "Servicios de conectividad de Google" y desactive la optimización de energía para esta aplicación del sistema.
Después de hacerlo, finalmente se conecta automáticamente a wifis conocidos mientras mi teléfono está en mi bolsillo.
ACTUALIZACIÓN
Solo quería dejar una nota, que hubo una pequeña actualización hace un par de días / semanas que me trajo el problema de la no conexión automática, Power Optimization ya no funcionaba para mí. Aún tengo este problema, haré una instalación limpia de Android 6 en las próximas semanas y veré si el problema persiste. Si es así, me quedaré con Android 5.x
ACTUALIZACIÓN2
Hubo otra actualización hace un tiempo que casi "solucionó" este problema.