Para ser honesto, nunca antes había eliminado un certificado, pero agregué el mío y parece que es el mismo proceso.
Básicamente es:
- usar Linux (o un vm de Linux)
- instalar bouncycastle (biblioteca java SSL)
- descargue los archivos cacerts.bks del dispositivo
- use el comando keytool -delete para eliminar el certificado de cacerts.bks
- verificar que funcionó con keytool
- empuje el archivo cacerts.bks de nuevo al dispositivo
Bouncy Castle: http://www.bouncycastle.org/latest_releases.html
Instrucciones detalladas sobre cómo usar keytool: http://wiki.cacert.org/ImportRootCert#Android_Phones
En ubuntu es un poco más fácil descargarlo a través de apt solo para que puedas obtener las cosas de PATH correctamente. "apt-cache search bouncycastle" debería ayudar.